+62 21 53667591

[email protected]

              

Promotions

Sciencewerke Promotions

Pojok Halal Sciencewerke: Scientific Halal Investigation (Jilid 2)

Masih Bingung Menentukan Target DNA yang Mau Digunakan dalam “Pengujian Halal”? Mau Tahu Apa Kata SNI Kita?

sciencewerke

Jilid 2: Pemilihan Target DNA dalam “Pengujian Halal” pada Pengujian Molekuler.

Oleh: Imam Hardiman, MSc.



Penggunaan Molekuler dalam “Pengujian Halal”

Pada artikel sebelumnya Pojok Halal Sciencewerke Jilid 1 Kita telah membahas alasan dibalik penggunaan pendekatan molekuler berbasis DNA dalam “pengujian halal” atau lebih tepatnya adalah pengujian cemaran zat-zat yang diharamkan (red: seperti porcine/babi dan hewan non-halal lainnya seperti karnivora dsb.). Kemampuan metode PCR (Polymerase Chain Reactions) dalam memperbanyak dan mendeteksi DNA target sangatlah membantu dalam pendeteksian cemaran non-halal pada sampel yang akan Kita ujikan. Hal ini didukung oleh target uji Kita yang merupakan makhluk hidup yang mana memiliki identitas atau “KTP” alamiahnya yang berupa untaian DNA.


Gambar 1 Instrumen Real-Time PCR CFX Opus Deepwell Real-Time PCR System #17007991

Sehingga penggunaan metode PCR (red: PCR konvensional, real-time PCR (qPCR) maupun digital PCR (dPCR)) bisa diimplementasikan juga dalam membantu pengujian zat-zat non-halal tersebut guna mendukung proses sertifikasi halal.


Mengenal Sumber dan Jenis DNA pada Hewan

Berdasarkan literasi agama Islam yang bersumber dari berbagai ayat di dalam Al-Quran dan beberapa hadis, diketahui bahwasanya zat-zat non-halal yang keberadaannya diharamkan untuk dikonsumsi dan menjadi landasan dalam proses sertifikasi halal serta bisa didekati dengan metode PCR ini diantaranya adalah babi dan hewan-hewan karnivora, bertaring serta berkuku tajam. Dari keterangan tersebut Kita ketahui bahwa hewan-hewan yang disebutkan di atas tergolong ke dalam hewan-hewan tingkat tinggi (red: tersusun atas sel-sel eukariota). Tahukah Anda bahwa hewan tingkat tinggi tersebut di dalam selnya mengandung 2 jenis DNA dari 2 sumber lokasi yang berbeda pula? Kedua DNA itu adalah DNA Nukleus (nDNA), yang bisa Kita temukan di dalam nucleus, dan DNA Mitokondia (mtDNA), yang bisa Kita temukan di dalam organel mitokondria.


Baca Juga: Droplet Digital PCR (ddPCR™) untuk Pengujian Patogen pada Air Limbah


DNA Nukelus atau dikenal juga dengan DNA Genomik merupakan DNA yang paling umum di dalam sel dan bisa Kita temukan pada inti sel atau nukleus. Di dalam nucleus itu sendiri, DNA dikemas menjadi bentuk kromosom. Kromosom ini berbentuk linear dan mengandung informasi genetik yang merupakan identas atau “KTP” alamiah bagi suatu spesies serta berfungsi dalam mengendalikan fungsi sel secara menyeluruh.

Adapun sumber DNA lainnya di dalam sel bisa Kita temukan di organel yang dikenal sebagai organel penghasil energi bagi sel. Organel tersebut biasa disebut dengan nama mitokondria. DNA Mitokondria berbeda dari DNA Nukleus dalam hal ukuran, jumlah gen, dan bentuknya, serta memiliki laju mutasi yang lebih tinggi. Ukuran DNA Mitokondria cenderung lebh kecil dibandingkan dengan DNA Nukleus serta memiliki bentuk yang sirkuler. Olehkarena itu di dalam sel, keberadaan DNA mitokondria lebih banyak dibandingkan dengan DNA Nukleus.


Gambar 2 Dua Jenis DNA dalam Tubuh Hewan: (a) DNA Nukleus, nDNA dan (b) DNA Mitokondria, mtDNA
Sumber Gambar :https://news.amdi.usm.my/fullarticle.php?id=SS



Perbandingan antara DNA Nukleus dan DNA Mitokondria bisa kita lihat lebih jelas pada Tabel 1 di bawah ini.


Tabel 1 Perbedaan Antara DNA Nukleus dengan DNA Mitokondria


Target DNA pada Metode PCR

Pada pembahasan sebelumnya (red: lihat kembali artikel Pojok Halal Sciencewerke Jilid 1 Kita sudah ketahui bersama bahwasanya target uji dari metode PCR adalah senyawa DNA. Dimana target DNA ini yang kemudian akan dideteksi oleh primer yang Bersifat spesifik dan kemudian akan diamplifikasi/diperbanyak menjadi ribuan fragmen DNA spesifik yang identik, yang biasa dikenal dengan istilah amplikon. Amplikon ini yang kemudian akan dianalisa sesuai dengan jenis metode PCR yang digunakan.


Gambar 3 Digital PCR Instrument, QX600 Droplet Digital PCR System #17007769



Baca Juga: Fenomena Stunting : Pendekatan Scientific dan Solusi Deteksi Dini Defisiensi Mikronutrien dengan Q-Plex Multiplex Immunoassay


Pada metode PCR konvensional, analisa amplikon dilakukan dengan bantuan elektroforesis gel. Analisa dilakukan berdasarkan ukuran amplikon yang dihasilkan. Analisa ini besifat kualitatif, sehingga hasilnya adalah ada atau tidaknya DNA target di dalam sampel yang diujikan. Sedangkan pada metode real-time PCR (qPCR), penggunaan penanda/palacak membantu dalam proses analisa amplikon yang terbentuk. Penanda ini yang kemudian akan mengirimkan sinyal floresen kepada detektor pada instrumen qPCR. Sinyal tersebut bisa dianalisa sebagai hasil kualitatif maupun semi- kuantitatif bila kita menggunakan kurva standar/pembanding dalam proses analisanya. Dengan konsep yang lebih maju dan sensitif, metode digital PCR (dPCR) dapat digunakan bukan hanya untuk kebutuhan analisis kualitatif saja akan tetapi juga bisa untuk melakukan analisa kuantitatif yang Bersifat absolut dikarenakan proses kuantifikasinya dilakukan tanpa menggunakan kurva standar/pembanding.


Lalu pertanyaannya adalah DNA mana yang bisa Kita jadikan target DNA dalam metode PCR? DNA Nukleus atau DNA Mitokondria? Jawaban dari kedua pertanyaan tersebut adalah semua sampel DNA bisa Kita jadikan sebagai target DNA pada metode PCR kita. Mau kita menggunakan metode konvensional, real-time, maupun digital PCR sekalipun. Selama keberadaan DNA tersebut bisa Kita peroleh dari sampel uji yang Kita gunakan, maka Kita bisa melakukan analisa menggunakan metode PCR. Tidak masalah bila itu DNA Nukleus ataupun DNA Mitokondria. Bahkan DNA sintetik sekalipun akan terdeteksi selama sesuai/mengandung sekuen target dari primer yang Kita gunakan.

Apa Kata SNI Kita Terkait Penggunaan DNA Nukleus dan DNA Mitokondria dalam Pengujian Halal/Cemaran Babi?

Isu halal merupakan salah satu isu penting yang diatur oleh pemerintahan Indonesia salah satunya dikarenakan mayoritas masyarakat Kita adalah beragama Islam. Regulasi terkait halal sudah banyak dikeluarkan oleh BSN (Badan Standarisasi Nasional) dalam bentuk dokumen-dokumen SNI (Standar Nasional Indonesia). Dari definisi pangan halal, sistem manajemen halal, pemotongan halal pada hewan, hingga kepada metode deteksi etanol dan DNA babi sudah dikeluarkan oleh BSN.

Oleh karena itu, “pengujian halal” atau lebih tepatnya kita sebut dengan pengujian cemaran porcine/ babi telah memiliki dasar regulasi yang bisa digunakan oleh pihak- pihak yang berkepentingan untuk menjaga mutu dan kualitas hasil pengujiannya. Saat ini ada 2 (dua) SNI yang bersinggungan dengan pengujian cemaran babi menggunakan pendekatan DNA. Keduanya adalah SNI ISO/TS 20224-3:2020 dan SNI 9278:2024.


Lalu apa yang harus Kita gunakan sebagai target DNA Kita dalam pengujian cemaran babi menggunakan metode qPCR sesuai kedua SNI di atas? Apakah Kita harus menggunakan DNA Nukleus (nDNA) ataukah dengan menggunakan DNA Mitokondria (mtDNA)? Jika Kita pelajari secara seksama kedua SNI di atas, maka Kita akan ketahui bahwa baik DNA Nukleus maupun DNA Mitokondria sama-sama memiliki dasar dan dapat digunakan sebagai DNA target dalam pengujian cemaran porcine/babi yang Kita lakukan sesuai dengan SNI yang berlaku di negara Indonesia.

Gambar 4 Logo SNI, Standar Nasional Indonesia
Sumber Gambar: https://id.wikipedia.org/wiki/Standar_Nasional_I ndonesia


Baca Juga: Aplikasi Teknologi KASP Genotyping dalam Identifikasi SNPs


Pada SNI ISO/TS 20224-3:2020 mengenai Analisis biomarker molekuler - Deteksi bahan turunan hewan pada bahan pangan dan bahan pakan menggunakan real - time PCR - Bagian 3: Metode deteksi DNA babi, dijelaskan bahwa dalam SNI ini pengujian yang dilakukan menggunakan pasang primer yang menarget pada gen beta-aktin dari spesies Sus scrofa. Gen beta-aktin ini sendiri terletak di dalam DNA yang berada pada nucleus, sehingga bisa Kita kategorikan sebagai DNA Nukleus (nDNA). Beta-aktin sendiri merupakan protein yang berperan dalam struktur dan pergerakan sel. Protein ini membentuk filamen aktin yang memberikan dukungan struktural dan memungkinkan pergerakan sel untuk dilakukan.


Sedangkan pada SNI 9278:2024 mengenai Metode deteksi DNA spesifik babi pada produk pangan mengandung gelatin — Metode kualitatif real-time PCR menggunakan hydrolysis Probe, dijelaskan bahwa pengujian yang dilakukan di SNI ini menggunakan pelacak floresen (red: Probe) yang menargetkan gen sitokrom b dari spesies Sus scrofa yang merupakan DNA Mitokondria (mtDNA). Gen sitokrom b mengkode protein sitokrom b yang merupakan bagian dari komplek III dalam rantai transpor elektron di mitokondria.


Berdasarkan penjelasan di atas, maka Kita bisa ketahui bersama bahwa baik menggunakan target DNA Nukleus maupun target DNA Mitokondria sama-sama memiliki dasar/landasan SNI yang bisa digunakan dalam pengujian cemaran porcine/babi. Kita bisa mengikuti acuan SNI ISO /TS 20224- 3:2020 ataupun SNI 9278:2024 dalam pemilihan target DNA yang ingin digunakan dalam pengujian. Sehingga apapun target DNA yang Kita gunakan, baik itu DNA Nukleus maupun DNA Mitokondria, selama itu bersumber dari target uji Kita (red: babi ataupun hewan yang diharamkan lainnya), maka bisa Kita gunakan dalam “pengujian halal” Kita.


Sekarang Waktunya Kita Kenalan sama Solusi dari Kami Terkait Target DNA dalam Pengujian Halal/Cemaran Babi Yuk

Nah setelah membaca penjelasan di atas terkait target DNA yang bisa Kita gunakan dalam pengujian cemaran babi menggunakan metode PCR (red: real-time PCR). Kami dari PT. Sciencewerke memiliki beragam solusi untuk Teman-Teman sekalian, baik yang tergabung ke dalam tim DNA Nukleus (nDNA) maupun tim DNA Mitokondria (mtDNA) nih.

Buat Teman-Teman yang masuk ke dalam tim DNA Nukleus (nDNA) sebagai target uji pada pengujian cemaran babi menggunakan metode real-time PCR (qPCR)nya, Kami memiliki solusi berupa Paket Kit Homebrew HALAL ISO secara real-time PCR. Kit ini menggunakan gen beta-aktin sebagai target deteksi primer dan probe-nya. Kit ini Kami siapkan menyesuaikan dengan aturan yang ada di SNI ISO/TS 20224-3:2020. Di dalam paket kit ini Teman-Teman sudah bisa mendapatkan:

  • Reagensia PCR mix (berupa iTaq Universal Probes Supermix dari BioRad Laboratories)
  • Primer dan Probe (berdasarkan sekuen yang ada di SNI ISO/TS 20224-3:2020 dari Macrogen)
  • Kontrol Positif (berupa DNA sintetik dari Twist Bioscience)

Bagi Teman-Teman yang ada di pemerintahan, paket kit ini sudah tersedia di e-Katalog juga loh.


Baca Juga: Kabar Lingkungan Sciencewerke: Scientific Environmental Investigation


Sedangkan buat Teman-Teman yang masuk ke dalam tim DNA Mitokondria (mtDNA) sebagai target ujinya menggunakan metode real-time PCR (qPCR), Kami juga memiliki solusi berupa kit EasyFast™ Pig/Suidae Detection & Quantification. Kit produksi Progenus, Belgia, ini menggunakan gen sitokrom b sebagai target deteksinya. Selain itu, dari nama kitnya itu sendiri Kita bisa ketahui bahwa kit produksi Progenus ini bisa digunakan bukan hanya untuk pendeteksian saja, akan tetapi juga dapat digunakan sebagai pengujian kuantitatif juga loh. Keunggulan lainnya dari kit ini diantaranya adalah:

  • Mendeteksi hingga ke level Famili Suidae, bukan hanya spesies Sus scrofa saja
  • Regensia PCR lengkap dan siap digunakan dalam 1 vial saja
  • Dilengkapi dengan kontrol internal dan kontrol positif
  • Kontrol internal reaksi sekaligus berperan dalam kontrol dalam pengerjaan/preparasi
  • Satu-satunya kit yang pernah memiliki sertifikat halal, tanpa melakukan pengajuan atau diberikan secara suka rela, dari JAKIM-Malaysia, HQC-Belanda, dan Immanor-Maroko

Sama seperti solusi untuk tim DNA Nukleus, kit dari Progenus ini juga sudah tersedia di e-Katalog ya.


Bagaimana? Makin menarikan bukan Pojok Halal Sciencewerke-nya?

Sebagai penutup, kalau menurut penulis sih lebih menyarankan menggunakan DNA Mitokondria (mtDNA) saja sebagai target pengujian cemaran babinya menggunakan metode real-time PCR nya ya. Karena nanti akan berpengaruh juga terhadap jenis pengujian atau jenis sampel yang Kita gunakan loh. Lah kok bisa? Kenapa memangnya?


Penasaran sama argumen penutup dari penulis? Tungguin aja jawabannya di Pojok Halal Sciencewerke Jilid 3 nya ya. Sampai ketemu lagi di tulisan berikutnya. Bye-bye…


Masih penasaran dengan update Pojok Halal Sciencewerke mengenai Scientific Halal Invertigation? Ataupun artikel-artikel dari PT. Sciencewerke lainnya? Yuk ikuti terus update artikel-artikel terbaru berikutnya dari Kami baik di laman website Kami maupun di kanal-kanal sosial media Kami. Sampai berjumpa kembali


Related Products:


Penulis : Imam Hardiman, MSc.

Editor : Agung Nurfaizal



Mari Terhubung dengan Kami
Telepon Kantor : 021 5366 7591
Email : [email protected]
WhatsApp : 0858 8880 0005

Kunjungi media sosial Offical Sciencewerke:
Instagram: @sciencewerke_id
Linkedin: PT Sciencewerke
X : Sciencewerke ID
Youtube: PT Sciencewerke


  • Back  
    • Top